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Proceder a uma abordagem holística e multidisciplinar com técnicas integradas de avaliação e parametrização de recursos naturais;
Contribuir para a protecção, valorização e recuperação ecológica e paisagística da Baía do Seixal, enquanto plano de água inserido em meio urbano;
Criar um instrumento de apoio à decisão ao nível da gestão territorial;
Caracterizar a morfo-sedimentação da Baía do Seixal: topografia, hidrografia, composição minerológica e geoquímica dos sedimentos;
Conhecer as principais características da dinâmica da Baía do Seixal: hidrologia e hidrodinâmica;
Divulgar em tempo real os dados obtidos a partir do estudo de caracterização da Baía do Seixal;
Caracterizar as comunidades biológicas e determinar o seu estado de conservação;
Quantificar as concentrações de metais pesados no biota;
Propor medidas de valorização da área com vista a potenciar e desenvolver actividades de observação da natureza;
Propor medidas de gestão da área, tendo por objectivo defender a sua biodiversidade, e permitir o desenvolvimento sustentado de actividades económicas, incluindo a valorização dos aspectos ambientais;
Propor a implementação de uma rede de trilhos ecológicos no quadro do turismo de natureza.