No presente ano, os novos projectos de investigação aplicada e de desenvolvimento incidem sobre as áreas da monitorização ambiental. Alguns destes projectos apresentam uma forte componente na integração multidisciplinar das áreas da Oceanografia, Geologia Marinha, Biologia, Química e Poluição do Meio Marinho e Navegação. São projectos desenvolvidos em parceria com institutos, universidades, municipios e outros centros de investigação, sendo alguns coordenados pelo Instituto Hidrográfico.
O Instituto Hidrográfico participa ainda em dois grandes projectos europeus: um sobre a gestão e acesso aos dados dos oceanos (SEADATANET) e outro sobre o estudo dos ecosistemas marinhos, de carácter multidisciplinar, constituindo um dos mais importantes projecto de investigação até agora realizado nesta área (HERMES e HERMIONE).