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O Instituto Hidrográfico dispõe de uma série de equipamentos técnicos específicos para o levantamento de dados hidrográficos, oceanográficos e geológicos. Possui ainda três laboratórios apetrechados para a realização de análises sedimentológicas, de propriedades da química da água do mar e da poluição do meio marinho, bem como de calibração dos equipamentos técnico-científcos e respectivos sensores. Para além dos equipamentos e dos laboratórios, o Instituto diferencia-se pelo facto de ter a capacidade de operar navios hidrográficos dotados de todas as condições para a execução, não só das suas missões, como também dos interesses da comunidade científica nacional ligada às Ciências e Tecnologias do Mar. Destaca-se ainda a importância das Brigadas Hidrográficas para a obtenção de levantamentos hidrográficos utilizados para a construção e actualização do fólio nacional de Cartas Náuticas, controlo de obras marítimas, definição de canais de navegação e respectivo assinalamento marítimo e para a definição da orografia e toponímia do fundo dos oceanos.
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