Para além das funções eminentemente militares, o Instituto Hidrográfico, enquanto Laboratório do Estado, cumpre uma importante vertente de apoio à comunidade científica nas áreas das ciências e tecnologias do mar.
Dispõe de recursos humanos qualificados, meios operacionais e dos equipamentos técnicos necessários ao desenvolvimento de projectos multidisciplinares de I&D, em parceria com instituições nacionais e estrangeiras nos domínios da Oceanografia Física, Geologia Marinha, Química, Hidrografia, Navegação e protecção do meio ambiente.
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